http://dspace.utalca.cl/handle/1950/5375 Search the Channel search http://dspace.utalca.cl/simple-search http://dspace.utalca.cl/handle/1950/9031 Title: Modelamiento e identificación de sitios de interés de las subunidades de la Polimerasa y Nucleoproteína del virus de la Anemia Infecciosa del Salmón (ISAV)<br/><br/>Authors: Molina Quiroz, Cristian Felipe; Cortez San Martín, Marcelo (Prof. Guía); Mascayano Collado, Carolina (Prof. Guía); González Díaz, Wendy (Prof. Informante)<br/><br/>Abstract: El virus de la anemia infecciosa del salmón (ISAV), corresponde a un patógeno asociado a brotes con altos índices de mortalidad en Chile, provocando un fuerte impacto económico y social en un país que para el año 2006 logra ser el segundo productor mundial de carne de salmón Atlántico, luego de Noruega. El género Isavirus, pertenece a la familia Orthomixoviridae, agrupado junto a otros 4 géneros virales entre los que se encuentra Influenzavirus A. En este trabajo se caracterizaron las estructuras probables de los productos protéicos codificados por los segmentos 1, 2, 3 y 4 del genoma de ISAV para el aislado chileno 752, correspondientes a las subunidades análogas de PA, PB1, PB2 y NP de Influenzavirus A, logrando modelostridimensionales para estas proteínas de ISAV, las cuales fueron estudiados mediantecálculos de acoplamiento molecular y dinámicas moleculares con moléculas de RNA,de modo de analizar sus comportamientos en relación a Influenzavirus A. Para lasanálogas de PA y NP, los resultados obtenidos fueron que para la región aminoterminal de PA, se logró un acoplamiento en el cual se observa la interacción delRNA con la proteína, resultando en una ubicación distinta a lo obtenido con laproteína PA de Influenza. Mientras que para la proteína NP de ISAV, se obtuvieronresultados de acoplamiento con moléculas de RNA con características bastantesimilares a los logrados en Influenza, confirmando que estas proteínas poseeríancaracterísticas estructurales y funcionales en común. En cuanto a la oligomerizaciónde las NPs de ISAV, luego de las dinámicas moleculares realizadas, se obtuvo uncomportamiento similar a lo obtenido en Influenza, donde el lazo indicado como elresponsable en al interacción NP-NP, presentó un movimiento acorde a lo reportadopor otros autores en estudios cristalográficos realizados. Todos estos resultados abren la posibilidad de desarrollar estudios posteriores de mutaciones sitio-dirigidas para los residuos identificados en esta investigación./ABSTRACT: Infectious salmon anemia virus (ISAV) is a viral pathogen associated with outbreaks with high mortality rates in Chile, causing a strong economic and social impact in a country that by the year 2006 achieved to be the second largest producer of meat Atlantic salmon after Norway. Isavirus gender, belongs to Orthomixoviridae family, grouped together with other 4 gender virus among which is Influenzavirus A. Here probable structures were characterized for protein products codify by segments 1, 2, 3 and 4 of the ISAV of the Chilean ISAV 752 genome, subunits PA, PB1, PB2 and NP as in Influenzavirus A, making 3D models for these proteins in ISAV , which were studied by molecular docking and molecular dynamics calculations with RNAmolecules, in order to analyze their behavior in relation to Influenza A. For analogueproteins PA and NP, the results shows in the amino terminal region of PA, it waspossible a docking in which we see the interaction of RNA with the protein, resulting in a different location to that obtained with PA protein of Influenzavirus A. While for the ISAV NP protein, coupling results were obtained with RNA molecules with very similar characteristics to those achieved in Influenza, confirming that these proteins possess a common structural and functional characteristic. About for the Oligomerization of NPs in ISAV, there were performed molecular dynamics simulations, resulting in a similar behavior to that obtained in Influenzavirus A, where the tail loop indicated as responsible for the NP-NP interaction, presenting a movement according to those reported by other authors in crystallographic studies performed. These results open the possibility of developing further studies of site-directed mutations to residues identified in this investigation as important.<br/><br/>Description: 75 p. http://dspace.utalca.cl/handle/1950/8999 Title: Estudio de la vía de ingreso de hierro en ferritina de Chlorobium tepidum<br/><br/>Authors: Maraboli Boutaud, Vanessa Ivonne; Yevénes, Alejandro (Prof. Guía); Márquez Miranda, Valeria Olivia (Prof. Guía); Arenas Salinas, Mauricio (Prof. Informante)<br/><br/>Abstract: El hierro es un metal de importancia en muchos procesos bioquímicos de la célula. Las ferritinas (Ftns) pertenecen a una familia de proteínas que almacenan hierro, compuesta por 24 subunidades que forman una cáscara esférica con una cavidad interna donde se almacena el hierro. La estructura de la subunidad consiste en un ordenamiento cerrado de 4 alfa hélices, con una quinta alfa hélice corta en el extremo carboxilo terminal. La cavidad interna se conecta con el exterior por medio de canales de simetría “Three-fold” y “Four-fold”. Chlorobium tepidum, es un organismo de interés que podría ser útil en la síntesis de nanomateriales. Sin embargo, estudios previos indican que su capacidadde almacenamiento de hierro es menor. Ferritina de Chlorobium tepidum (CtFtn)posee ciertas diferencias en comparación a Ftns de otros organismos, las que seespecula podrían afectar su capacidad de almacenamiento. Posee un extremo Cterminalmás extenso, el cual se piensa se proyecta hacia el interior de la cavidad,afectando el espacio disponible para almacenar hierro. Estudios anteriores indicanque ferritina mutante de C. tepidum, la cual carece del extremo C-terminal y poseeademás la mutación Ala19Tyr incorporada, presenta un comportamiento similar al deltipo silvestre. Se especula que además de la cola C-terminal es posible que el ThreefolChannel no permita el ingreso de hierro hacia el interior de la proteína. A partir de lo anterior, se realizaron nuevas mutaciones en el Three-fol Channel de la CtFtn mutada, Leu109Glu y Phe117Arg. Los efectos de estas nuevas mutaciones fueron analizadas de forma teórica y experimental. Para profundizar elanálisis, se estudiaron las propiedades del Three-fol Channel en otras dos ferritinas,PfFtn (Ferritina de Pyrococcus furiosus ) y LhFtn, cadena L de ferritina humana. Losresultados muestran diferencias en el Three-fol Channel de las distintas ferritinas.Los resultados teóricos obtenidos en CtFtn con los nuevos residuos incorporados,muestran que el ingreso de hierro por el Three-fol Channel no es favorable, lo que secontrapone con los resultados obtenidos de manera experimental, lo que permitesugerir que existe otra vía para el ingreso de hierro en CtFtn. Palabras Claves: Hierro, Ferritinas, CtFtn, Three-fol Channel, PfFtn, LhFtn/ABSTRACT: Iron is a metal of importance in many biochemical processes of the cell.Ferritins (Ftns) belong to a family of proteins that store iron, consisting of 24 subunits forming a spherical shell with an internal cavity which stores iron. Subunit structure consists of a closed arrangement of four alpha helices, with fifth short alpha helix at the carboxy terminus. The internal cavity is connected with the outside via channels of symmetry "Three-fold" and "Four-fold". Chlorobium tepidum is an organism of interest that could be useful in thesynthesis of nanomaterials. However, previous studies indicate that the storagecapacity of iron is lower. Chlorobium tepidum ferritin (CtFtn) has some differencescompared to Ftns from other organisms, it is speculated that could affect its storagecapacity. Possesses a long C-terminal region, which is thought projecting into thecavity, affecting the space available for storing iron. Previous studies indicate thatferritin mutant of C. tepidum, which lacks the C-terminal end and also hasincorporated the mutation Ala19Tyr presents a behavior similar to the wild type. It isspeculated that in addition to the C-terminal tail is possible that the Three-foldChannel does not allow the entry of iron into the protein. From the foregoing, there were new mutations in the Three-fold Channel of the CtFtn mutated Leu109Glu and Phe117Arg. The effects of these new mutations wereanalyzed theoretically and experimentally. For further analysis, we studied theproperties of the fol-Channel Three two ferritins, PfFtn (Pyrococcus furiosus ferritin) and LhFtn, human ferritin L chain. The results show differences in the fol-Channel Three different ferritins. The theoretical results obtained with the new residue CtFtn incorporated, show that the entry of iron by the Three-fold Channel is not favorable, which contrasts with results obtained experimentally, which allows us to suggest that there is another avenue for iron entry CtFtn.<br/><br/>Description: 74 p. http://dspace.utalca.cl/handle/1950/8998 Title: Caracterización estructural de isoformas de la enzima alcohol acil transferasa (AAT) involucrada en la biosíntesis de ésteres volátiles en Cucumis melo. Evaluación del rol del residuo thr268 para la actividad enzimática<br/><br/>Authors: Galaz Díaz, Sebastían Eduardo; Herrera Faúndez, Raúl (Prof. Guía); Morales Quintana, Luis Alberto (Prof. Guía); Vergara Jaque, Ariela Patricia (Prof. Informante)<br/><br/>Abstract: El aroma es un atributo importante en la calidad de un fruto y está determinadopor un grupo de compuestos volátiles de bajo peso molecular. En melón (Cucumis melo), los compuestos mayormente producidos corresponden a ésteres, los cuales son sintetizados por la enzima Alcohol Acil Transferasa (AAT) que cataliza la transferencia de un grupo acilo desde un acil-CoA a un alcohol. Se ha descrito que existen cuatro isoformas de AATs en C. melo (CmAAT1-4). Estas enzimas, aexcepción de la enzima CmAAT2, son activas por expresión heteróloga en levadura ymuestran afinidades diferenciales por una amplia batería de sustratos. Se hademostrado que la falta de actividad en CmAAT2 se debe a la presencia del residuoalanina en la posición 268 en lugar de treonina presente en las tres restantesenzimas activas. En el presente trabajo, se obtuvo la estructura de las cuatro isoformas CmAAT mediante modelamiento comparativo. CmAAT1, CmAAT3 y CmAAT4 presentaron uncanal de solvente cercano al segmento HXXXD correpondiente al sitio activo yCmAAT2 evidenció la auscencia de este. La interacción enzima-sustratos mostró quelas energías de interacción para las cuatro isoformas fueron más favorables para losderivados de acil-CoA que para los alcoholes. Los sustratos ingresaron al canal desolvente y se ubicaron en el sitio activo de CmAAT1, CmAAT3 y CmAAT4. Los derivados de acil-CoA posicionaron el grupo carbonilo de éstos cerca del nitrógeno ε del residuo de histidina y el grupo hidroxilo de los alcoholes hacia el oxígeno del grupo carboxílico del residuo de aspartato. En CmAAT2 los sustratos se posicionaronen regiones lejanas al sitio activo. La mutación de Thr268 por Ala en CmAAT1impidió la formación del canal de solvente y afectó directamente el ingreso de lossustratos al sitio activo de esta enzima, de modo contrario, en CmAAT2 la mutaciónde Ala268 por Thr favoreció la formación de un bolsillo cercano al sitio activoanteriormente inexistente y permitió el ingreso de los sustratos. Mediante dinámicamolecular se exploró el comportamiento de acetil-CoA y hexanol en CmAAT1,evidenciando que la movilidad de los sustratos y la participacíon de Ser363 estaría favoreciendo una interacción directa entre His161 con acetil-CoA y hexanol./ABSTRACT:Aroma is an important attribute in fruit quality, which determined by a set of low molecular weight volatile compounds. In melon fruit (Cucumis melo), esters are the main compounds, which are, synthesized through the action of alcohol acyl transferases (AAT). The enzyme catalyses the formation of esters by transferring anacyl-CoA to an alcohol. Four isoforms of AAT in C. melo (CmAAT1-4) have been reported. The expression of these isoforms in yeast showed that three of them are active, being CmAAT2 the only one with no activity. Most importantly all active enzymes showed differential affinities when several different substrates are used. Ithas been shown that the loss of activity of CmAAT2 is due to the presence of analanine instead of threonine in position 268. Being present the alanine in the threeremaining active enzymes. In this work we obtained the structure of four CmAAT isoforms through comparative modelling. CmAAT1, CmAAT3 and CmAAT4 present a solvent channelnear the HXXXD segment that corresponds to the active site. CmAAT2 has demonstrated the absence of the solvent channel. Enzime-substrates interaction shows that interaction energies of the four isoforms are more favorable for acyl-CoA substrates than for alcohols. The substrates entered the solvent channel and were located at the active site for CmAAT1, CmAAT3 and CmAAT4. Acyl-CoA derivatives positioned the carbonyl group near the ε nitrogen of the histidine residue. The hydroxyl group of the alcohols was moved towards the oxygen of the carboxylic groupof aspartate residue. In CmAAT2, the substrates were positioned in the far-off regions of the active site. The mutation Thr268 to Ala in CmAAT1 prevented the formation of the channel solvent and directly affected the entry of the substrates to the active site of this enzyme, otherwise, the mutation of Ala268 to Thr in CmAAT2 would have encouraged the formation of previously nonexistent a pocket near the active site andallowed the entry of substrates. The behaviour of acetyl-CoA and hexanol in CmAAT1will be explore through molecular dynamics, showing that the mobility of substratesand the participation of Ser363 would favour a direct interaction between His161 withacetyl-CoA and hexanol.   Palabras claves:  CmAAT<br/><br/>Description: 92 p. http://dspace.utalca.cl/handle/1950/8989 Title: Análisis estructural del complejo transportador de membrana – micela sav1866/c12e8 en la fase gaseosa<br/><br/>Authors: Brugues Muñoz, Gonzalo Javier; Barrera, Nelson (Prof. Guía); Montenegro, Felipe (Prof. Guía); González Díaz, Wendy (Prof. Informante)<br/><br/>Abstract: Las proteínas de membrana cumplen una variedad de roles en la célulaincluyendo excitabilidad celular y el transporte de solutos y drogas. No obstante, la determinación estructural de proteínas de esta familia es complicada debido a suscondiciones de solubilidad fuera de la bicapa lipídica. Recientemente, se hadesarrollado un método basado en Espectrometría de Masas (EM) para removerlas micelas de detergente (utilizadas para mantener las proteínas de membrana enun estado nativo en solución) y así obtener información estructural de lasproteínas de membrana intactas en la fase gaseosa. Al interior del espectrómetro,los complejos proteína-micela se someten a un aumento gradual de las colisionescon moléculas de gas, lo que produce primero la destrucción de la capa micelar,luego la liberación de la proteína intacta y finalmente la denaturación de laproteína. Las colisiones en la fase gaseosa aumentan la energía interna delcomplejo proteína/micela, lo cual es análogo al aumento de la temperatura delsistema en las simulaciones de Dinámica Molecular (DM). En el presente estudiode DM se utilizó la proteína de membrana Sav1866, perteneciente a la familia delos transportadores ABC, y la micela de detergente C12E8. Este complejoproteína/micela fue sometido al aumento de colisiones con moléculas de gas alinterior de un espectrómetro de masas y se detectó la proteína dimérica intacta enel vacío. In silico, después de aumentar la temperatura en la DM en solución, elcomplejo proteína/micela presenta un cambio conformación secuencial quecomienza con la destrucción de la micela, luego la liberación de la proteína intactay posteriormente su denaturación. Al realizar un aumento de temperatura análogoen fase gaseosa en la DM, se observa que el complejo proteína/micela es más estable. Esto se debe a un mayor número de puentes de hidrógeno intra-proteína y una mayor energía de interacción entre la proteína y la micela. Por ende, en la fase gaseosa se aplicó una mayor energía térmica para producir la liberación de la proteína intacta. Este trabajo representa el primer estudio in silico del comportamiento de un complejo proteína/micela sometido a un aumento de laenergía térmica en la fase gaseosa y se espera que facilitará nuevos estudiosestructurales de las proteínas de membrana combinando datos experimentales ybioinformáticos.<br/><br/>Description: 81 p.