Identificación molecular de Diplodia seriata, Diplodia mutila y Phacidium lacerum asociados a pudriciones de pre-cosecha en manzanas cvs. Fuji y Cripps Pink

Abstract

La presencia de diversas enfermedades en la producción de frutos de manzano afecta directamente al rendimiento del frutal como a la calidad de la fruta exportada. Las enfermedades son causadas por diferentes agentes patógenos, entre los que se destacan los hongos, asociados a problemas a nivel de estructura de las plantas en el campo como a nivel de frutos. Entre los hongos que son capaces de causar este tipo de daño se destacan los miembros de la familia Botryosphaeriaceae. El objetivo de este trabajo fue realizar la identificación molecular y estudios filogenéticos de los principales hongos asociados a pudriciones de precosecha en manzanas cvs. Fuji y Cripps Pink ocurridos en la Región del Maule y determinar el efecto de la temperatura in vitro en el crecimiento micelial de los aislados fungosos. Para cumplir con el objetivo se amplificó los genes de la región internal transcribed spacer (ITS), gen parcial de la beta tubulina (BT) y gen del factor de elongación 1-α (FE) de los 15 aislados obtenidos desde frutos con pudrición, comparando sus secuencias mediante Blastn (NCBI, E.E.U.U) con las secuencias de especies fungosas previamente identificadas y depositadas en el GenBank para lograr la identidad de los aislados chileno. Se realizaron análisis filogenéticos de los tres genes en forma individual, mediante un análisis de máxima parsimonia, utilizando el programa MEGA 5. También todos los aislados (n=15) se sometieron a temperaturas de 0, 5, 15, 25 y 35°C para determinar su crecimiento micelial. Bajo las condiciones del presente trabajo se identificó en forma molecular a 11 aislados como Diplodia seriata, un aislado como Diplodia mutila y tres aislados como Phacidium lacerum. Este trabajo constituye la primera identificación molecular a nivel nacional de D. seriata, D. mutila y P. lacerum, y la segunda descripción a nivel mundial de P. lacerum asociados a pudriciones de manzanas. Cabe destacar que P. lacerum fue posible caracterizarlo solo con el gen ITS, debido a que no existen secuencias disponibles en el GenBank con los otros genes amplificados. Para estos aislados se observó un crecimiento óptimo a 25°C. Finalmente, es necesario poder ratificar estas determinaciones con las características morfológicas de las especies e iniciar estudios de epidemiologia para determinar el impacto de las especies mencionadas y generar información necesaria para disminuir su presencia a nivel de campo como en poscosecha. Palabras Claves: Patógenos, Diplodia, PCR, AND, gen, filograma./ABSTRACT: The presence of several diseases in apple fruit production affects directly yield and quality of fruits exported. The diseases are caused by different pathogens, among which include fungi associated with problems at the structure of plants in the field as fruits level. Among the fungi that are capable of causing such damage are the members of the family Botryosphaeriaceae. The aim of this study was to perform molecular identification and phylogenetic studies to the major fungi associated to pre-harvest rots in apples cv. Fuji and Cripps Pink occurred in the Maule region and determine the effect of temperature on mycelial growth of fungal isolates. To accomplish the objetive was amplified the genes of the internal transcribed spacer region (ITS), partial beta tubulin gene (BT) and elongation factor 1-α (FE) of the 15 isolates obtained from apple rot, by comparing their sequences by Blastn (NCBI, USA) with sequences of fungal species deposited in GenBank database that previously were identified and published for to achieve the identity of Chilean fungal isolates. Phylogenetic analysis of the three genes were performed individually by a maximum parsimony analysis using the program MEGA 5. Additionally, all isolates (n = 15) were subjected to temperatures of 0, 5, 15, 25 and 35 ° C to determine their mycelial growth. Under the conditions of this study, was identified molecularly 11 isolates as Diplodia seriata, an isolates as Diplodia mutila and three isolates as Phacidium lacerum. This work is the first molecular identification of D. seriata, D. mutila and P. lacerum in Chile, and second description of P. lacerum associated with apples rot in worldwide. Noteworthy that P. lacerum was identified using only the ITS gen. The Chilean isolates of D. seriata, D. mutila and P. lacerum obtained optimal mycelial growth at 25 °C. Finally, it is necessary to confirm these findings with the morphological characteristics of each species and begin epidemiology studies to determine the impact of those species and generate information needed to reduce its presence at field level as during postharvest.