Propuesta de un control interno para western blot usando saliva como muestra biológica

Abstract

En la técnica de western blot la existencia de controles internos o proteínas de referencia se utiliza comúnmente para evitar diferencias en las cargas de proteínas. Para los estudios de saliva esta estrategia no es posible ya que aún no se conoce una proteína salival cuya cantidad relativa al contenido de proteína total permanezca constante. Con el objetivo de descubrir una proteína candidata analizamos pools de 105 muestras salivales provenientes de pacientes sanos y con aftas usando un espectrómetro de masas timsTOF (Bruker). Identificamos y cuantificamos los péptidos y proteínas utilizando las herramientas de bioinformática contenidas en FragPipe. Luego con el paquete MSstats de R identificamos las proteínas comunes y que prácticamente no variaban en todas las condiciones evaluadas (fold change cercano a cero y un valor-p no significativo). Establecimientos 8 candidatas. Para la selección final las proteínas seleccionadas no debían ser marcadores pronósticos de cáncer de acuerdo a la base The Human Protein Atlas. En esta investigación sugerimos que PRDX3 evidencia niveles de abundancia que se mantienen estables bajo diferentes condiciones, pudiendo ser una proteína candidata a ser usada como control interno para experimentos de western blot que tengan como centro la saliva.