Desarrollo de una plataforma bioinformática para la obtención de información a partir de librerías de ARNs pequeños secuenciadas con Solexa/ILLumina

Abstract

El uso de las nuevas tecnologías de secuenciación posee una tasa de crecimiento baja, en comparación con otras tecnologías, por ejemplo, los microarreglos. Este lento crecimiento se debe a que la tecnología es reciente y diferente, por ende, incomprendida en muchos aspectos. Además, el análisis de los datos obtenidos requiere de cierta experiencia Bioinformática, área que en general, la comunidad científica no posee muy desarrollada. Por otro lado, las herramientas existentes son altamente específicas y complejas de utilizar, lo que desincentiva aun más su uso. Aquí se plantea la implementación de una plataforma que permita extraer información a partir de la secuenciación con las nuevas tecnologías, mediante la intersección con lo anotado, además de realizar un análisis comparativo de los niveles de expresión de ARNs pequeños, junto con la detección de zonas transcripcionalmente activas. A partir de la secuenciación se obtuvieron 2 librerías denominadas Dorsal y Ventral. Ellas fueron filtradas y mapeadas al genoma de Xenopus tropicalis obteniendo un total de 9.737.900 lecturas para el conjunto Dorsal y 7.815.224 lecturas para el Ventral. Junto con el análisis de ellas se desarrolló una plataforma Bioinformática que permitió extraer grandes cantidades de información: perfiles de expresión para cada librería, distribución de tamaño de los ARNs pequeños, frecuencia genómica de los ARNs mapeados, estadística de la procedencia de los ARNs mapeados al genoma, intersección de secuencias entre las librerías, patrones de expresión diferencial, lista de genes con más ARNs mapeados. Se encontraron, in silico, un conjunto de ARNs pequeños que tendrían algún rol en el desarrollo de X. tropicalis. Además se estableció mediante dos enfoques, un conjunto de ARNs pequeños que muestran un patrón de expresión diferencial entre las dos librerías. Resumiendo, los datos obtenidos son una prueba que plataformas como éstas harán que un mayor número de científicos usen las nuevas tecnologías de secuenciación, considerando que ellas facilitan el análisis de los datos, además de hacerlos más robustos a través de la integración con más información.