Desarrollo de aplicación para el análisis in silico de secuencias promotoras del genoma de vitis vinifera

Abstract

La vid es el cultivo frutícola más importante económicamente en Chile y cultivado ampliamente en el mundo. De ella se obtiene un fruto que se utiliza no sólo para la producción de vino, sino también para consumo de fruta fresca, jarabes, jugos, pasas y fabricación de sus derivados tales como cosméticos y aceites. Este frutal ha sido recientemente secuenciado, por lo que su conocimiento acerca de su regulación génica es aún escaso. La regulación de la expresión génica está provista por un complejo mecanismo de control por los cuales las plantas responden a estrés biótico y abiótico y modulan procesos del desarrollo. Esta regulación es coordinada principalmente por mecanismos relacionados a factores de transcripción (TFs). Para comprender el mecanismo de regulación génica de Vitis vinifera, es necesario conocer los sitios donde se unen las secuencias reguladoras de la expresión génica. Si bien algunos sitios web son capaces de realizar búsquedas de este tipo, aún Vitis vinifera no está incorporada. En este trabajo se desarrolló una aplicación para la búsqueda y representación visual de los sitios de unión a factores de transcripción (TFBS), ya sea, caracterizados experimentalmente o de sitios de predicción, en secuencias flanqueantes de Vitis vinifera generando imágenes representativas de los sitios de unión encontrados. No se ha realizado con anterioridad una herramienta para el análisis de TFBS en todo el genoma de Vitis vinifera. Por ello, el desarrollo de esta aplicación es el primer paso para el conocimiento y la comprensión de su expresión génica, reconociendo los posibles sitios de unión de los TFs que regulan la expresión de todos los genes del genoma