Estudio comparativo de variaciones en las secuencias de regiones CRISPRs y huellas de fagos en cepas de Vibrio parahaemolyticus

Abstract

Estudios recientes de los genomas bacterianos han revelado diferentes componentes asociados a genomas de virus bacterianos o bacteriófagos, en la forma de fragmentos aislados, secuencias de profagos no funcionales o fagos crípticos, y también secuencias llamadas CRISPRs que le confieren inmunidad a la bacteria frente a virus y plásmidos. Todos estos elementos constituyen un registro de diferentes huellas de fagos y proporcionan una oportunidad de determinar la historia de infecciones, y sus posibles efectos en la evolución de bacterias a través de su caracterización y estudio comparativo. Acorde a los antecedentes mencionados, en el presente estudio se realizó la identificación de elementos relacionados con bacteriófagos, específicamente, secuencias CRISPR y huellas de fagos, en 8 cepas pandémicas serotipo O3:K6 de Vibrio parahaemolyticus, aisladas en Chile, cercanamente relacionadas. Una vez identificados los CRISPR para cada una de las cepas, se compararon de manera de determinar diferencias entre cepas. Este análisis no mostro diferencias entre las cepas chilenas. Después de esta observación se decidió extender el estudio a cepas de V. parahaemolyticus pandémico que pudieran tener un mayor tiempo de evolución independiente, y así mayores oportunidades de infección por fagos, como las cepas AN5030, K5034 y Peru466 encontradas en otros sitios del planeta. Además se incluyó una cepa no pandémica, filogenéticamente mucho más distantes, AQ3810. Los resultados mostraron solo la presencia de un SNV (Variante de un simple nucleótido)en esta última cepa. Lo cual sugiere que el sistema CRISPR-Cas no está actuando como un mecanismo que le confiera inmunidad a estas bacterias frente a virus y plásmidos.